मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणातील नवीन खुलासा झाला आहे. या प्रकरणातील आरोपी लेफ्टनंट कर्नल प्रसाद पुरोहित याने त्यांचे वकील विरल बाबर यांच्यामार्फत विशेष एनआयए न्यायालयात लेखी जबाब सादर केला आहे. त्यात अनेक गंभीर आरोप मुंबई एटीएसच्या अधिकाऱ्यांवर केले आहेत. एसटीने आपल्याला प्रचंड टार्चर केल्याचा दावा केला आहे. एसटीएसच्या अत्याचारामुळे माझा उजवा गुडघा मोडल्याचा दावा पुरोहित याने केला आहे. एटीएस अधिकारी त्याची बेकायदेशीरपणे चौकशी करत होते आणि राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ, विश्व हिंदू परिषद आणि गोरखपूरचे तत्कालीन खासदार योगी आदित्यनाथ यांचे नाव घेण्यासाठी दबाव टाकत होते, असा दावा त्यांनी केला आहे.
लेफ्टनंट कर्नल प्रसाद पुरोहित याने दावा केला की, ऑगस्ट २००८ मध्ये, मालेगाव बॉम्बस्फोटाच्या एक महिना आधी, तत्कालीन राष्ट्रवादी काँग्रेसचे अध्यक्ष (शरद पवार) यांनी अलिबागमध्ये एका सभा घेतली होती. त्या सभेत केवळ इस्लामिक दहशतवादी नाहीत, तर हिंदू दहशतवादीही आहेत, असे विधान केले होते. त्यावेळी हिंदू दहशतवाद हा शब्द पहिल्यांदाच वापरला गेला. या विधानानंतर लगेचच २९ सप्टेंबर २००८ रोजी मालेगावमध्ये स्फोटाची दुर्दैवी घटना घडली.
दाऊद इब्राहिम आणि कम्युनिस्टवादी नेता मुपल्ला लक्ष्मणा राव उर्फ डॉ. गणपतीच्या भेटीतून महाराष्ट्रातील नक्षली कारवायांची माहिती दिली होती. नेपाळमधून शस्त्रे, ड्रग्ज यांचा पुरवठा बंद झाल्यानंतर दंडकारण्यातून नक्षलवाद्यांना पुरवठा सुरू झाल्याची माहिती त्यांनी दिली. तसेच 2006-07 मध्ये डॉ. झाकिर नाईकने ईस्लामिक रिसर्च फाऊंडेशनच्या माध्यमातून बनावट नोटा आणि आयएसआयकडून दहशतवादी कृत्यांना पाठबळ दिले जात असल्याचाही अहवाल दिल्याचा पुरोहितांचा दावा आहे.
मुंबई सत्र न्यायालयातील विशेष एनआयए कोर्टात पुरोहित याने 23 पानी लेखी जबाब सादर केला आहे. त्यात एटीएसने राजकिय दबावापोटी खोटी केस दाखल केल्याचा आरोप केला आहे. सुधाकर चतुर्वेदी हा आर्मीचा खबरी असूनही त्याच्या माध्यमातून आपल्याला एनआयएने त्यात गोवल्याचा पुरोहित याचा दावा आहे.